Az Ocarina of Time remake rengeteg régi és vadonatúj titkot tartogat, amelyek közül sok eddig rejtve maradt még a veterán rajongók előtt is. A Gossip Stone-okat különféle módokon lehet aktiválni, például elemi támadásokkal vagy az Ocarina különleges dallamaival, amelyek eltérő reakciókat váltanak ki.
A játékmenet egyes elemei modernizálódtak, például a lovaglás kényelmesebbé vált, illetve egy dedikált ugrásgomb is bekerült, amelyet már a fejlesztés korai fázisában is teszteltek. Az újrajátszhatóságot tovább fokozzák az apró részletek, például a térképen elrejtett illusztrációk és a karakterek árnyaltabb reakciói a maszkokra.
Érdekes változás, hogy bizonyos Easter egg-ek eltűntek vagy átalakultak, mint például a Mario-ra utaló ablak jelenete a kastély kertjében. Emellett a Gossip Stone-okon kívül a Mask of Truth is új funkciókat kapott, amelyek révén Link betekintést nyerhet a szereplők gondolataiba, ha stratégiailag közelíti meg őket.
Rengeteg új interakció található az NPC-kkel: bizonyos maszkok vagy a megfelelő pillanatban történő közeledés felfed mélyebb háttértörténeteket és rejtélyes motivációkat. A pálya különböző részein elrejtett titkok, például a Magic Bean parcellák vagy a falra akasztott rajzok mind hozzájárulnak a gazdag, felfedezésre csábító világ kialakításához.
