Yoshi új kalandja szembefordul a megszokott platformer játékmenettel, és inkább a kíváncsiságot, a felfedezést, valamint a játékos kreativitását helyezi előtérbe. A klasszikus célvonal és ellenfelek helyett most biodómokban bolyongva kell a játékosnak dokumentálnia a környezet élőlényeit és azok viselkedését.
Minden pálya egy kis laboratórium, ahol különféle teremtményekkel lehet kísérletezni: hogyan ízlenek, miként reagálnak egymásra vagy a környezeti hatásokra. A játék új perspektívát kínál, hiszen Yoshi ezúttal felfedezőként, nem pedig hősként mutatkozik be.
A Mr. Encyclopedia élő könyvébe csöppenve a játékos a felfedezés örömével találkozik, miközben segítséget kérhet Mr. E-től is, ha elakad. Egyedi vizuális stílus emeli ki a könyvlap-szerű világokat, ahol a színes ceruzarajz esztétika uralja a képi világot.
Érdekes kérdések merülnek fel a gyerekbarát játékmenettel kapcsolatban: vajon mennyire hozzáférhető, ha a szöveges tartalom dominál? Az idősebb játékosok pedig a játék vége után titkos extrákat is felfedezhetnek, melyek tovább mélyítik az élményt és az interakciók lehetőségeit.
