Az X-Men 97 második évadának első három epizódja időugrásokkal és párhuzamos idősíkokkal mutatja be a mutánsok és klasszikus ellenfeleik, különösen Apokalipszis közötti konfliktust. Megjelennek a 3960-as évben és az ókori Egyiptomban játszódó jelenetek, miközben visszautalnak a nosztalgikus 1997-es idősíkra is.
Kiemelt szerepet kapnak olyan karakterek, mint Kábel, Jubilee, Magneto vagy épp Apokalipszis fiatalkori változata. A sorozat felveti a morális dilemmák kérdését arról, meddig mehetnek el az X-Men tagjai a veszélyes ellenségekkel szemben, és hol húzódik a határ a bosszú és az igazságosság között.
Izgalmas témaként merül fel a csapaton belüli nézetkülönbség: egyesek hajlamosabbak végletes döntésekre (például gyilkolni egy veszélyes ellenséget), míg mások ragaszkodnak a klasszikus X-Men elvekhez. Eközben több karakter, például Magneto fejlődését, változását is figyelemmel kísérhetjük, illetve betekintést nyerünk Apokalipszis eredetébe, kapcsolataiba és motivációiba.
További izgalmas elemek közé tartozik az új, kreatív gonosztevők megjelenése, az időutazásos sztoriszálak, valamint a különböző X-csapatok (X-Men, X-Force, X-Factor) egymással való ütközése. A nézők nosztalgikus hangulatot és lendületes, karakterközpontú akciókat élvezhetnek, miközben számos kérdés és konfliktus marad nyitott a folytatásra.
