A játékos belecsöppen a Kingdom Hearts univerzum egyik legsötétebb szegletébe, ahol a főhősnő, Aqua útját követi a sötétség birodalmában. A történet során olyan kérdések merülnek fel, mint hogy vajon a szív ereje elegendő-e a sötétség legyőzéséhez, vagy hogy milyen titkokat rejtenek a múltbeli események, amelyek befolyásolhatják a jelen történéseit.
Felmerül a ‘hét tiszta fény’ védelmének fontossága és a ‘hét őrző’ összegyűjtésének sürgető szükségessége is. A játékosok különböző ismert Disney- és Square Enix-univerzumokban kalandozhatnak, ahol néha váratlan kapcsolatok és áthallások jelennek meg a szereplők között, mint például Goofy, Mickey vagy Merlin.
Az atmoszféra komor, a szimbolika folyamatosan utal a sötétség és a remény harcára. A szereplők lelki dilemmái, elveszett emlékek és múltbéli hibák szintén központi témaként jelennek meg. Vajon sikerül-e Aquának legyőzni belső démonjait, elnyerni szövetségesei bizalmát, vagy végleg elnyeli őt a sötétség?
