Az Alters részletesen bemutatja, milyen kihívásokkal kell szembenéznie, amikor egy ismeretlen bolygón egyedül próbál túlélni, miközben versenyt fut a halálos napsugarakkal. A forrásgyűjtés, bázisépítés és a túléléshez szükséges eszközök előállítása mindennapossá válnak, miközben meg kell küzdenie a folyamatos veszéllyel.
Különleges csavart ad a játéknak, hogy saját klónjait – úgynevezett altereket – kell létrehoznia és irányítania. Mindegyik alter önmaga egy-egy változata, eltérő képességekkel és személyiséggel, ami lehetővé teszi a feladatok hatékonyabb elosztását, de új konfliktusokat is szül. A játék ezzel felveti a kérdést: vajon mennyire tud és mer elválni önmagától, amikor minden döntése más-más énjével szembesíti?
Az egyes alterek, mint például a technikus vagy a tudós, speciális munkaköröket töltenek be, és hatékonyságuk kulcsfontosságú a fejlődéshez. Mindeközben azonban kezelni kell az eltérő hangulatokat és motivációkat, hiszen elégedetlenségük vagy mentális állapotuk komolyan befolyásolhatja a túlélést.
A játék komoly dilemmákat kínál: mikor áldozza fel egy klónja boldogságát vagy energiáját a közös cél érdekében? Az elhúzódó, monotonnak tűnő feladatok, az egyre növekvő veszélyek és az idővel való folyamatos harc feszültté és kiszámíthatatlanná teszik a haladást. Itt a legapróbb pillanatnyi döntések is kardinális következményekkel járhatnak később.
A moralitás, személyiség és túlélési ösztön határait boncolgatja az Alters, miközben állandóan arra készteti, hogy felülvizsgálja saját döntéseit és azok következményeit. A sorozatos megpróbáltatások és a személyiségkonfliktusok pedig időről időre újabb izgalmas helyzeteket teremtenek.