Inaba, egy nyugodt vidéki japán város, hirtelen rejtélyek és furcsa események központjává válik, amikor a főhős – egy költöző középiskolás – belekeveredik a városban terjedő szájhagyományba, a Midnight Channel legendájába. A pletykák szerint, ha valaki esős éjszakán televíziót néz, megláthatja a lelki társát a képernyőn.
A kíváncsiság által vezérelve a főszereplő utánajár a legendának, és így felfedez egy alternatív világot a televízióban. Ez a titokzatos dimenzió kapcsolódik a környéken történt sorozatgyilkosságokhoz, ahol árnyéklények (shadows) támadják meg az ide belépőket. Az üldözés közben a főhős rábukkan saját „persona” erejére, amely lehetővé teszi számára, hogy harcoljon a veszélyek ellen.
Az események során egy nyomozócsapat is alakul. Tagjai sokszínű középiskolások, sajátos személyiségekkel és motivációkkal: a stratéga Hanamura Yosuke, az energikus Satonaka Chie, a felelősségteljes, de álmodozó Amagi Yukiko, valamint a titokzatos Marie. A csapat együttműködve próbálja kideríteni, ki áll a bűntettek mögött, és mi a Midnight Channel valódi titka.
A mindennapi élet is hangsúlyos marad: a tanulás, a barátságok fejlődése és különféle szabadidős tevékenységek révén a főszereplő és társai egyre erősebbek lesznek; ezek a kapcsolatok pedig közvetlenül befolyásolják a harci képességeiket a másik világban. Az új játékmeneti elemek és taktikai lehetőségek, mint a prime time támadások, tovább gazdagítják a csapat alapú küzdelmeket.
Vajon milyen összefüggések húzódnak a valóság és az alternatív világ eseményei között? Melyik említett karakterekkel mélyülnek el a kapcsolatok? Mennyi jelentősége van a döntéseknek, és hogyan alakíthatják a főhős fejlődését ezek az élmények?
