A Mysteria Ecclesiae a Kingdom Come: Deliverance 2 végső DLC-je, amely a játékosokat nyomozói szerepbe helyezi egy frissen megnyíló helyszínen: a Sedlec-i kolostorban. Civil ruhában, fegyver és páncél nélkül kezdődik a kaland, ezért új stratégiákra és készségekre van szükség. Az ismeretlen betegség járványszerű terjedése, a bezárt kolostor és az ebből fakadó erőforrás-szűkösség mind olyan elemek, amelyek próbára teszik a kreativitást.
Ez az új bővítmény nemcsak izgalmas fő történetszálat kínál, hanem mellékküldetésekkel, felfedezhető titkokkal, valamint számos új tárggyal és jutalommal bővíti a játékot. Különleges lehetőség például a pestisdoktor maszk elkészítése, amely újfajta játékmenetet és taktikákat von be. A könyvtárban új készségkönyvek és háttértörténetek bővítik a karakter fejlesztését és a világ ismeretét.
A politikai intrikák is szerephez jutnak: a játékos egy orvos kísérője lesz, aki a börtönben lévő király egészségét jön ellenőrizni, de a történelmi helyzet miatt csak a kolostor apátján (és így a befolyásos grófokon) keresztül közelítheti meg célját. Az új helyszín nemcsak a DLC alatt, hanem utána is elérhető marad, kincseket és kényelmi lehetőségeket kínálva hosszú távon is.
A történet során a játékosnak rejtőzködnie, emberekkel beszélgetnie, bizonyítékokat gyűjtenie és különféle kézműves tevékenységeket végeznie kell, hogy feltárja a járvány eredetét, valamint a kolostorban zajló furcsa eseményeket. A felszerelés egy része is visszaszerezhető a történet végén, ami megkönnyíti a további játékot. A DLC különféle befejezéseket és választható utakat kínál, így többféle módon is végigjátszható.
