A Metroid Prime 4 új szintre emeli a hozzáférhetőséget, lehetővé téve, hogy egyes főellenségeket a későbbiekben is beszkenneljünk, ám így is maradnak olyan rejtett elemek, amelyeket könnyen kihagyhatunk játék közben, ha nem figyelünk eléggé. Ezek a beszkennelendő objektumok, ellenségek vagy környezeti részletek többnyire a játék korai szakaszában bukkannak fel, de némelyikük csak jóval később válik elérhetővé.
Tanamar első szekciójában olyan digitális naplóbejegyzések találhatók, amelyek csak egyetlen alkalommal szkennelhetők: ezek közé tartozik például egy átlagos szövetségi katona, egy űrkalóz és maga Aberax, az első főboss. Az előrehaladás során Fury Greenben is akad néhány kihagyhatatlan szkennelési lehetőség, például a pszichikus konténer vagy a főellenség indája és virágpor-zsákja.
Későbbi területeken, mint a Flare Pool, tovább nő a nyomás: egyedi gépek, például a Hover Shuttle Transport, vagy ritka lények, mint a swim snatcher és a Bayamoth csak egyszer jelennek meg. Ezek kihagyása véglegessé válhat, ha egyszer továbbhaladunk nélkülük.
A videó felhívja a figyelmet arra, hogy egyes tárgyak, lények vagy események csak limitált számban találhatók meg, és néha egy dolgot kétszer is le kell szkennelni a teljes napló eléréséhez. Több mint száz beszkennelhető elem vár felfedezésre, így a százszázalékos kitöltés igazi kihívás elé állítja a játékosokat.
