A képregények világához hű, sokszorosan ágas-bogas történetszálakon keresztül bontakozik ki a Marvel Rivals játékuniverzumának eddig megjelent cselekménye. Az egyes évadokban hősök és szupergonoszok csapnak össze, miközben időjárási anomáliák, alternatív világok, halhatatlanságra törő mágikus rítusok és elborult időutazások kavarják fel a jól ismert karakterek világát.
Folyamatosan új, világrengető fenyegetések érkeznek, amelyek olyan hősöket állítanak frontvonalba, mint Amerika Kapitány, Pókember, Fekete Párduc vagy Vasember. Az események láncolatát a mindent befolyásoló Dr. Doom keveri, aki időt, mágiát, technológiát és saját jövőbeli énjét is beveti, hogy elérje céljait. A cselekmény közben alternatív univerzumok, a vámpírok, Ultron támadása, szimbióták szabadulása és egy halhatatlanságért vívott bajnokság színesítik a sztorit.
Emellett személyes drámák, mint Gambit és Vadóc esküvői kalandja, vagy Cyclops és Moon Girl elraboltatása is fontos szerepet kapnak. Az antagonisták oldalán Null, a szimbiótákat uraló király, Apokalipszis vagy Gorr, az istenölő bukkannak fel, akik minden elképzelhető dimenzióban és idővonalon veszélyt jelentenek a hősökre. Nem maradhatnak el a meglepő szövetségek sem – például Doom és Emma Frost vagy Loki és Dr. Doom együttműködései.
Sosem lehet tudni, ki lesz a következő nagy ellenfél, miként akadályozzák meg a hősök az univerzum pusztulását, vagy hogyan bonyolódik tovább a Marvel Rivals világának egyre kuszább története. A rejtélyek, árulások és hőstettek szinte minden epizódban újabb megválaszolatlan kérdéseket vetnek fel.
