A Neo3 világában kalandozunk, ahol misztikus lények, Yo-kai és bukott hősök népesítik be a japán hadakozó fejedelemségek korszakát. Egy ismeretlen főhős indul útnak, hogy felfedezze a Crucible titkait, és megküzdjön az ott lakozó erőkkel.
Két eltérő harci stílus közül bármikor választhatunk: a szamuráj közvetlen, küzdelemorientált megközelítése, illetve a ninja mozgékony, cseles támadásai, melyek váltogatásával változatos stratégiákat alkalmazhatunk. Különböző ellenfelek és helyzetek állítanak kihívások elé, miközben újabb szövetségesekhez és Yo-kai-okhoz is kapcsolódhatunk.
Az úton átutazunk különféle történelmi korokon, jeges tájakon, és végül eljutunk a veszélyes Crucible területére, ahol erősebb ellenfelekre és drámai összecsapásokra lehet számítani. Itt bukott hősökkel, elveszett ambíciókkal és árulásokkal találja szembe magát a főhős.
Felmerülnek mélyebb kérdések is, például: honnan származik a Crucible ereje, miért fordult el a főhős testvére, és ki válhat igazi shogunná? Történelmi utalások, misztikum, barátság és árulás szövik át ezt a fantasztikus utazást.
