A nyílt világú Ghost of Yote játékban a természetes felfedezés áll a középpontban: a szél irányát követve és a távolban feltűnő füstjelek segítségével fedezhetjük fel Ezo változatos tájait. Füstoszlopok különböző árnyalatai árulkodnak arról, milyen típusú helyszíneket találunk – eldugott kereskedőtáborokat vagy veszélyes ellenséges erődöket.
A főhős, Atsu, egy kémlátcsövet használhat célpontok követésére, így ritkán kell ténylegesen a térképre tekinteni. A játék ösztönzi a saját ösvény megtalálását: lehetőség van információt vásárolni a térképen való tájékozódáshoz, ám gyakran tanácsosabb az erőforrásokat más célokra fordítani.
Lóháton utazva speciális kameranézetek között válthatunk, és a különleges növényzet vagy környezeti elemek az utazás sebességét is befolyásolják. A környezetben elrejtett selyemszalagok a lázadó ellenállás ajándékait jelzik, amelyek segítik Atsu és az Otay 6 harcát Silito hadúr ellen.
Rengeteg melléktevékenység vár, de a legjövedelmezőbbek a banditák elleni vérdíjak. A vérdíjtáblák révén új képességeket fejleszthetünk, de saját Atsu-posztert is gyűjthetünk, ezzel visszatöltve a szellemmutatót. A harcrendszer összetett: a különleges támadások ideiglenes sebezhetetlenséget adnak, míg a szellem- és életerő menedzseléséhez akár sake fogyasztását is bevethetjük, amely ugyan segít, de kockázatokkal is jár.
A játékmenet során a távoli harci eszközök éppoly fontosak, mint a közelharci fegyverek. A nyíl például nemcsak ellenfelek kiiktatására jó, hanem környezeti objektumokat is felgyújthat, így stratégiai lehetőségeket nyitva meg a játékos előtt. Bizonyos szakaszokban egy segítő farkas is csatlakozik Atsuhoz, növelve a taktikai variációkat és kihívásokat a felfedezésben és harcban egyaránt.
