Endacopia világa rejtélyekkel és abszurd szimbólumokkal teli, ahol a történet elmosódott határokkal tárul elénk. Az elbeszélés középpontjában egy amnéziás kisfiú, Melo áll, aki Henry otthonának foglya, és múltjának darabkáit kell összeillesztenie, miközben a játékos mint védelmező angyal kíséri útján. A múlt balesetei, a családtól való elszakadás, és az elferdült nevelő figurája mind hozzájárulnak identitásának széthullásához.
A felszín alatt klasszikus horror és irodalmi motívumok vegyülnek: Frankenstein-ihletésű karakterek, összefércelt testek és az önmagát szüntelenül újraalkotó identitás paradoxona. Erős utalások jelennek meg a Ship of Theseus gondolatkísérletére, amely az identitás folytonos cseréivel és az eredet kérdésével játszik.
Melo kalandja során baljós városokat jár be, groteszk karneválokat, elidegenedett irodákat és horrorisztikus lakóközösségeket, ahol mindenhol a kicserélődés, a másolás és az önazonosság problémái uralkodnak. Az ismétlődő témák között feltűnik a másolatok romlása, a mesterséges intelligencia és az elveszett múlt fragmentumai.
Nemcsak a történet, hanem maga a világ is metafizikai kérdések elé állít: egy alvó isten testén belül játszódnak az események, ahol a szereplők létezése, cselekedeteik jelentése és az egész környezet szimbolikája filozófiai mélységeket boncolgat. Mindezt popkulturális és vallási utalások, eltorzított bibliai motívumok színezik, felvetve a teremtés, a szenvedés és a spiritualitás kérdéseit is.
